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深圳市南山区妇幼保健院位于打响中国改革开放“第一炮”的蛇口，医院前瞰波澜壮阔的深圳湾，背靠风景秀丽的南山，毗邻承担起深圳再发展的桥头堡-前海蛇口自贸片区。在南山区委区政府的坚强领导下，历经30多年的发展，医院从一个由3名员工组成的妇幼保健站，成长为目前有600余名员工、诊疗量最高达70多万人次的三级妇幼保健院，成为这座创新型国际化城市的崛起见证者；成为打造民生幸福标杆城市重要组成部分——妇女儿童保健事业的践行者。

医院前身为南头区妇幼保健站，始建于1986年10月。1990年9月，南头区、蛇口区合并成立南山区，南头区妇幼保健站随即更名为南山区妇幼保健站。1991年，更名为南山区妇幼保健所，为南山区卫生局直属单位。1992年4月，更名为南山区妇幼保健院。1994年7月由金鸡冲租赁的民房搬迁至桃园路93号新落成的大楼，并成为深圳首家开设病房的妇幼保健院，设置床位100张。1995年9月，经过省、国家的评估,被命名为爱婴医院，1998年11月，经过省级评估，成为深圳市第一家二级甲等妇幼保健专科医院。2015年9月26日医院从桃园路93号整体搬迁至蛇口湾厦路1号新址。2017年3月，与深圳市南山区计划生育服务中心合并，2017年4月，深圳市卫计委批复核定为深圳市首家区属三级妇幼保健院。历经30多年的发展，已成为了一所集保健、医疗、科研、教学、培训及技术指导于一体的专业妇幼保健机构。

医院建筑面积约2.4万平方米，编制床位数300张，目前设有妇科、产科、儿科、新生儿科、妇女保健科、综合儿童保健科、儿童生长发育科、儿童康复科、产前诊断科等二十七个专业科室。开设妇科、产科、新生儿科、儿科、特需病房等五个病区。现有南山区医学重点学科：围生医学科、儿童保健科、产前诊断科；区级重点培育学科：超声诊断科。

南山区妇幼保健院是全国首家“儿童健康管理示范基地”、实施中国妇女、儿童发展纲要国家级示范区、广东省妇幼健康优质服务示范区、广东医科大学附属医院、中山大学公共卫生学院科研教学基地、中山大学公共卫生学院硕士培养点、中山大学深圳出生队列研究中心、广东医科大学硕士培养点、广东省儿童心理卫生保健示范单位、南山区儿童智力残疾康复技术指导中心、南山区新生儿危重症会诊救治中心。